Dans un château de Norvège situé près du fjord Stromfjord, Séraphitüs, un être étrange et mélancolique, semble cacher un terrible secret. Il aime Minna et il est aimé d'elle, qui voit en lui un homme. Mais Séraphitus est aussi aimé par Wilfrid, qui le considère comme une femme (Séraphîta).

En réalité, Séraphitus-Séraphita est un parfait androgyne, né de parents acquis à la doctrine de Swedenborg qui vise à transcender la condition humaine et dont Séraphitus-Séraphita est l'exemple parfait. Immensément érudit, doué de facultés mentales dépassant le commun des mortels, il mène une vie solitaire et contemplative. Mais cet être quasi céleste rêve de connaître l'amour parfait, celui qui consiste à aimer conjointement deux êtres de sexes opposés.

Finalement, sous les yeux effarés de Minna et Wilfrid, l'être total se transforme en séraphin et monte au ciel.

Le roman eut, comme en témoigne le nombre d'éditions, un succès public considérable.